与传统的成像技术相比傅立叶显微镜可以直接观察空间频率分布。因此如今它被广泛用于例如表面等离子体观察、光子晶体成像等。借助VirtualLab Fusion可以对完整的傅立叶显微镜系统进行建模并将其用于单分子成像。具体来说我们演示了几种物理光学效应的影响包括每个光学界面的菲涅尔损耗和透镜孔径的衍射。傅立叶显微镜对单分子成像建模用于单分子成像的完整高NA傅立叶显微镜系统特别展示了例如菲涅尔损耗、由于孔径引起的衍射并将仿真结果与参考值进行比较。分析高NA物镜的聚焦高NA物镜广泛用于光学光刻显微技术等。在聚焦模拟中考虑光的矢量性质非常重要。