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Open-Science组学数据档案库GEO/PRIDE/MGnify/MetaboLights新手完整实操指南【免费下载链接】open-scienceAIPOCH Open-Science is an open-source, local-first, model-agnostic AI research workbench for macOS, Windows, and Linux, with scientific agents, Python/R notebooks, data connectors, and reproducible provenance.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/open/open-scienceOpen-Science是一款开源、本地优先的 AI 科研工作台内置Omics Archives组学数据档案库连接器让你在对话中直接检索GEO、PRIDE、MGnify、MetaboLights、ArrayExpress五大组学数据库支持按关键词、物种、仪器、疾病、样本特征查询 GSE / PXD / MTBLS / MGYS 号并自动带回结构化元数据与补充文件清单——全程可追溯来源provenance数据不出本机。为什么科研人员需要组学数据档案库做生物信息学研究时数据分散在各个公共档案库档案库数据域编号格式典型用途GEONCBI基因表达 / 转录组GSE131907查表达谱数据集与样本元数据PRIDE ArchiveEBI蛋白质组PXD010154查质谱蛋白组项目、蛋白↔项目互查MGnifyEBI宏基因组MGYS00000410按自由文本或生物膜系谱查研究MetaboLightsEBI代谢组MTBLS1查代谢组研究、原始数据文件.mzML 等ArrayExpress / BioStudiesEBI功能基因组E-MTAB-5061查 ChIP-seq / 阵列实验Open-Science 的omics-archives连接器把这 5 个库收敛为17 个工具实现代码见 omics-archives.ts连接器注册信息见 catalog.ts。所有分页检索都会与 API 报告的总数做计数校验避免少拉了几页导致的数据缺失。快速上手安装与启用连接器一键获取项目git clone https://gitcode.com/GitHub_Trending/open/open-science cd open-science npm install按 README.md 的指引启动应用macOS / Windows / Linux 均支持或直接从发布页下载安装包。启用 Omics Archives 连接器打开Settings → Connectors在内置的 24 个科研连接器中找到Omics Archives并启用该连接器依赖 NCBI E-utilitiesGEO 查询走dbgds首次使用需在凭据设置中填入NCBI API Key无 Key 也能访问但速率限制更严代码通过ncbiEtiquette自动附加建议权限模式选Ask for approval连接器调用会先征求你的批准。实操一GEO 检索基因表达数据集按关键词搜索geo_search_series直接用自然语言告诉 Agent帮我在 GEO 里搜一下哮喘相关的表达谱数据集只要 series 级别的Agent 会调用geo_search_series查询词为完整 E-utilities 语法如asthma AND gse[ETYP]返回标题、摘要、物种、样本数、发布时间和 FTP 链接。按 GSE 号拉取完整元数据geo_get_series把 GSE131907 的详细信息拉下来包括每个样本的特征内部会解析 GEO 的 SOFT 文件头仅头部不下载数据表返回series 设计描述、平台、样本数、每个样本的characteristics组织/处理/分组等标签、文库策略、补充文件 URL。拿到supplementary_files清单后可以直接让 Agent 写 Python 下载并做初步质控。实操二PRIDE 蛋白组项目检索关键词 面组合并过滤pride_search_projects找一下人类磷酸化蛋白组的项目用 Orbitrap Fusion Lumos 做的pride_search_projects支持keyword、organism精确面如Homo sapiens (human)、instrument、disease四类条件 AND 组合结果按 accession 升序稳定返回api_total保证计数准确。按 PXD 号与蛋白反查项目pride_get_projects传入[PXD010154]即可拿到项目全量元数据物种、疾病、仪器、定量方法、提交人、文献 DOI/PubMedpride_find_projects_for_protein输入 UniProt 号如P04637反向查找哪些 PRIDE 项目测过这个蛋白是文献调研时非常好用的冷门入口。实操三MGnify 宏基因组研究检索MGnify 支持两种互斥的检索方式源码中会强制校验二选一自由文本mgnify_search_studies传query: coral找到所有珊瑚相关宏基因组研究生物膜系谱传biome_lineage如root:Engineered:Wastewater按 GOLD 风格系谱精确圈定污水工程等环境组学数据含子系谱。拿到 MGYS 号后mgnify_get_studies加include_analyses: true附带每篇研究的分析总数以及按流水线版本 / 实验类型的分布统计mgnify_get_study_analyses列出该研究下全部 MGYA 分析记录含流水线版本、运行/组装/样本编号方便挑选与你自己实验匹配的分析结果。实操四MetaboLights 代谢组研究与原始数据文件MTBLS1 这个研究用了什么技术样本表发我看看metabolights_get_studies返回研究状态、发布年份、物种/组织部位、技术平台如 LC-MS、实验因子、描述物descriptors、样本数加include_samples: true可附带每样本表格metabolights_get_study_files列出研究文件夹ISA-Tab、MAF及递归的 FILES 数据目录完整清单metabolights_search_data_files用文件名 glob 搜原始数据如*.mzML、*.raw、*.zip服务端匹配后还会在客户端再校验一遍防止语义漂移。由于 MetaboLights 没有服务端研究搜索metabolights_list_studies会先拉回全部公开 MTBLS 编号再按标题/描述物过滤——Agent 会自动处理这一步。让结果可复现数据预览与 Provenance检索到数据只是第一步。Open-Science 的价值在于执行与证据同处一个工作区表格预览返回的样本表、文件清单可内联预览像普通 CSV 一样浏览Notebook 衔接让 Agent 用 Python/R kernel 写下载、质控、分析代码运行历史、依赖环境全部记录在案Provenance 溯源生成的每个产物表格、图、报告都是不可变版本附带生产者代码、执行证据与输入清单随时可复核这个结果是怎么来的。新手避坑清单 ✅场景建议GEO 查询偶发变慢/限流配置 NCBI API Keygeo_search_series的retmax默认 500大检索注意count与retrieved是否一致编号写错如 GSE123 不存在工具会把未命中放进not_found/missing而非整体报错注意检查返回结构PRIDE 经典质谱项目查蛋白用pride_find_projects_for_proteinpride_search_project_proteins仅服务 affinity-proteomics 项目隐私与敏感数据连接器的网络请求参数会展示给你审批不要在不熟悉的工作流用Full access模式想核对实现细节工具定义与返回结构见 omics-archives.ts行为回归测试见 omics-archives.test.ts小结Open-Science 的Omics Archives 连接器把 GEO、PRIDE、MGnify、MetaboLights、ArrayExpress 五大组学档案库统一成一套对话式检索入口关键词找数据集、编号取元数据、glob 找原始文件、蛋白反查项目四步走完且每一步都有计数校验与可追溯证据。对新手来说不必再手写 API 请求把研究目标用一句话描述清楚剩下的交给工作台即可 【免费下载链接】open-scienceAIPOCH Open-Science is an open-source, local-first, model-agnostic AI research workbench for macOS, Windows, and Linux, with scientific agents, Python/R notebooks, data connectors, and reproducible provenance.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/open/open-science创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考 Open-Science组学数据档案库：GEO/PRIDE/MGnify/MetaboLights新手完整实操指南
Open-Science组学数据档案库GEO/PRIDE/MGnify/MetaboLights新手完整实操指南【免费下载链接】open-scienceAIPOCH Open-Science is an open-source, local-first, model-agnostic AI research workbench for macOS, Windows, and Linux, with scientific agents, Python/R notebooks, data connectors, and reproducible provenance.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/open/open-scienceOpen-Science是一款开源、本地优先的 AI 科研工作台内置Omics Archives组学数据档案库连接器让你在对话中直接检索GEO、PRIDE、MGnify、MetaboLights、ArrayExpress五大组学数据库支持按关键词、物种、仪器、疾病、样本特征查询 GSE / PXD / MTBLS / MGYS 号并自动带回结构化元数据与补充文件清单——全程可追溯来源provenance数据不出本机。为什么科研人员需要组学数据档案库做生物信息学研究时数据分散在各个公共档案库档案库数据域编号格式典型用途GEONCBI基因表达 / 转录组GSE131907查表达谱数据集与样本元数据PRIDE ArchiveEBI蛋白质组PXD010154查质谱蛋白组项目、蛋白↔项目互查MGnifyEBI宏基因组MGYS00000410按自由文本或生物膜系谱查研究MetaboLightsEBI代谢组MTBLS1查代谢组研究、原始数据文件.mzML 等ArrayExpress / BioStudiesEBI功能基因组E-MTAB-5061查 ChIP-seq / 阵列实验Open-Science 的omics-archives连接器把这 5 个库收敛为17 个工具实现代码见 omics-archives.ts连接器注册信息见 catalog.ts。所有分页检索都会与 API 报告的总数做计数校验避免少拉了几页导致的数据缺失。快速上手安装与启用连接器一键获取项目git clone https://gitcode.com/GitHub_Trending/open/open-science cd open-science npm install按 README.md 的指引启动应用macOS / Windows / Linux 均支持或直接从发布页下载安装包。启用 Omics Archives 连接器打开Settings → Connectors在内置的 24 个科研连接器中找到Omics Archives并启用该连接器依赖 NCBI E-utilitiesGEO 查询走dbgds首次使用需在凭据设置中填入NCBI API Key无 Key 也能访问但速率限制更严代码通过ncbiEtiquette自动附加建议权限模式选Ask for approval连接器调用会先征求你的批准。实操一GEO 检索基因表达数据集按关键词搜索geo_search_series直接用自然语言告诉 Agent帮我在 GEO 里搜一下哮喘相关的表达谱数据集只要 series 级别的Agent 会调用geo_search_series查询词为完整 E-utilities 语法如asthma AND gse[ETYP]返回标题、摘要、物种、样本数、发布时间和 FTP 链接。按 GSE 号拉取完整元数据geo_get_series把 GSE131907 的详细信息拉下来包括每个样本的特征内部会解析 GEO 的 SOFT 文件头仅头部不下载数据表返回series 设计描述、平台、样本数、每个样本的characteristics组织/处理/分组等标签、文库策略、补充文件 URL。拿到supplementary_files清单后可以直接让 Agent 写 Python 下载并做初步质控。实操二PRIDE 蛋白组项目检索关键词 面组合并过滤pride_search_projects找一下人类磷酸化蛋白组的项目用 Orbitrap Fusion Lumos 做的pride_search_projects支持keyword、organism精确面如Homo sapiens (human)、instrument、disease四类条件 AND 组合结果按 accession 升序稳定返回api_total保证计数准确。按 PXD 号与蛋白反查项目pride_get_projects传入[PXD010154]即可拿到项目全量元数据物种、疾病、仪器、定量方法、提交人、文献 DOI/PubMedpride_find_projects_for_protein输入 UniProt 号如P04637反向查找哪些 PRIDE 项目测过这个蛋白是文献调研时非常好用的冷门入口。实操三MGnify 宏基因组研究检索MGnify 支持两种互斥的检索方式源码中会强制校验二选一自由文本mgnify_search_studies传query: coral找到所有珊瑚相关宏基因组研究生物膜系谱传biome_lineage如root:Engineered:Wastewater按 GOLD 风格系谱精确圈定污水工程等环境组学数据含子系谱。拿到 MGYS 号后mgnify_get_studies加include_analyses: true附带每篇研究的分析总数以及按流水线版本 / 实验类型的分布统计mgnify_get_study_analyses列出该研究下全部 MGYA 分析记录含流水线版本、运行/组装/样本编号方便挑选与你自己实验匹配的分析结果。实操四MetaboLights 代谢组研究与原始数据文件MTBLS1 这个研究用了什么技术样本表发我看看metabolights_get_studies返回研究状态、发布年份、物种/组织部位、技术平台如 LC-MS、实验因子、描述物descriptors、样本数加include_samples: true可附带每样本表格metabolights_get_study_files列出研究文件夹ISA-Tab、MAF及递归的 FILES 数据目录完整清单metabolights_search_data_files用文件名 glob 搜原始数据如*.mzML、*.raw、*.zip服务端匹配后还会在客户端再校验一遍防止语义漂移。由于 MetaboLights 没有服务端研究搜索metabolights_list_studies会先拉回全部公开 MTBLS 编号再按标题/描述物过滤——Agent 会自动处理这一步。让结果可复现数据预览与 Provenance检索到数据只是第一步。Open-Science 的价值在于执行与证据同处一个工作区表格预览返回的样本表、文件清单可内联预览像普通 CSV 一样浏览Notebook 衔接让 Agent 用 Python/R kernel 写下载、质控、分析代码运行历史、依赖环境全部记录在案Provenance 溯源生成的每个产物表格、图、报告都是不可变版本附带生产者代码、执行证据与输入清单随时可复核这个结果是怎么来的。新手避坑清单 ✅场景建议GEO 查询偶发变慢/限流配置 NCBI API Keygeo_search_series的retmax默认 500大检索注意count与retrieved是否一致编号写错如 GSE123 不存在工具会把未命中放进not_found/missing而非整体报错注意检查返回结构PRIDE 经典质谱项目查蛋白用pride_find_projects_for_proteinpride_search_project_proteins仅服务 affinity-proteomics 项目隐私与敏感数据连接器的网络请求参数会展示给你审批不要在不熟悉的工作流用Full access模式想核对实现细节工具定义与返回结构见 omics-archives.ts行为回归测试见 omics-archives.test.ts小结Open-Science 的Omics Archives 连接器把 GEO、PRIDE、MGnify、MetaboLights、ArrayExpress 五大组学档案库统一成一套对话式检索入口关键词找数据集、编号取元数据、glob 找原始文件、蛋白反查项目四步走完且每一步都有计数校验与可追溯证据。对新手来说不必再手写 API 请求把研究目标用一句话描述清楚剩下的交给工作台即可 【免费下载链接】open-scienceAIPOCH Open-Science is an open-source, local-first, model-agnostic AI research workbench for macOS, Windows, and Linux, with scientific agents, Python/R notebooks, data connectors, and reproducible provenance.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/open/open-science创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考