使用mmspao系统进行联合分析系统mmspao是博主在实验室里研发的一套用于多模态空间多组学融合的框架可以使用pip进行下载博主是在Linux环境下使用PyTorch2.1.0cu121和NVIDIA A40进行的实验务必提前下载好torch相关的环境。pip install torch2.1.0--index-url https://download.pytorch.org/whl/cu121 pip install mmspao配置随机数种子和训练设备frommmspao.utilsimport*frommmspaoimportmmspaoimportscanpyassc set_random_seed(42)devicecuda从此处下载空间多组学模拟数据存放在data目录下。加载模拟数据保存RNA观测空间#Load data and perform necessary preprocessingrnasc.read(./data/Sim_tri/adata_RNA.h5ad)adatarna.copy()rnagetX(rna,modalityrna)proteinsc.read(./data/Sim_tri/adata_ADT.h5ad)proteingetX(protein,modalityprotein)atacsc.read(./data/Sim_tri/adata_ATAC.h5ad)atacgetX(atac,modalityatac)配置视图和组合并训练这里使用’all’指定配置所有视图和组合进行融合特征的拼接modelmmspao([rna,protein,atac],sel_viewsall,combinationall,sparseFalse,devicedevice)model.train(2000)Leiden聚类adata观测空间model.cluster(adata,n_domains5,end0.7)绘制空间聚类可视化sc.pl.spatial(adata,colorleiden,spot_size0.1,showTrue)