基于TMT的定量蛋白质组学中比值压缩如何产生为何其局限于相对定量比值压缩的机制与影响在基于串联质量标签 (TMT)的定量蛋白质组学中比值压缩是种公认的分析伪影。其主要源于MS/MS分析中多个肽段离子的共分离与共碎裂——具有相似质荷比m/z的报告离子信号会因不同肽段的贡献重叠而混淆。这种干扰导致不同样本间的报告离子强度相互混杂进而低估真实的丰度差异。因此样本间的差异倍数可能被人为压缩尤其是在存在显著表达差异时。极端情况下比值可能趋近于1掩盖具有生物学意义的变化导致蛋白质表达水平的定量结果不准确。为减轻这一伪影研究人员已开发多种校正策略包括用于比值压缩调整的计算算法以及利用内标添加物或参考通道的归一化方法这些策略有助于部分恢复定量准确性。为何基于TMT的定量局限于相对定量而非绝对定量TMT通过肽段的同位素标记发挥作用借助报告离子强度的比较实现多个样本的同时分析。但该方法本质上仅适用于相对定量而非绝对定量。缺乏绝对定量参考标准TMT实验流程通常不包含同位素标记内标或外部校准曲线而这者是测定蛋白质绝对丰度的关键要素。质谱响应存在变异性不同肽段和蛋白质的离子化效率及仪器响应因子存在差异导致信号强度与绝对浓度无法直接关联。因此基于TMT的检测仅能用于不同条件间的比较分析无法提供独立的绝对定量结果。串联质量标签 (TMT) 系统表1 TMT和TMTpro的试剂特点比较图1 TMTpro标记试剂的结构设计TMTpro试剂结构的功能区域包括通过更高能量碰撞解离 (HCD) 的MS/MS裂解位点图2 使用TMTpro或TMT原始同量异序标签试剂进行MS实验的概要介绍分离自细胞或组织的蛋白质提取物被还原、烷基化然后使用EasyPep Mini MS样品制备试剂盒或等效方法酶切。然后在样品混合、分馏和净化之前用TMT或TMTpro试剂标记样品。在数据分析之前在高分离度Orbitrap LC-MS/MS质谱仪上分析标记样品以识别肽段并定量分析报告离子的相对丰度。参考[0] https://www.mtoz-biolabs.com/how-does-ratio-compression-arise-in-tmt-based-quantitative-proteomics-and-why-is-it-limited-to-relative-quantification.html[1] https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/protein-biology/protein-mass-spectrometry-analysis/protein-quantitation-mass-spectrometry/tandem-mass-tag-systems.html#anchor2注AI辅助创作如有错误欢迎指出。内容仅供参考不构成任何建议。