作者Evil Genius在老家躺平还是好啊打了2天麻将输了200多。今天我们来分享思路关于肿瘤细胞的异质性问题。肿瘤样本的异质性很高从基因组学来讲每种癌症都有很多种亚型我们以肺癌中的非小细胞肺癌为例看看有多少分子亚型。最典型的是子宫内膜癌分子分型如下分型名称关键分子特征占比约临床病理特征预后治疗意义POLE超突变型POLE基因 核酸外切酶结构域发生致病性突变如P286R, V411L。具有极高的肿瘤突变负荷TMB-H。7-10%通常为高级别如FIGO 3级内膜样癌也可能为浆液性癌。诊断时多为早期但形态学看似“凶险”。极好即使在高分期或高级别患者中复发风险也极低。“看似凶险实则温和”。可能从免疫治疗中获益因TMB-H目前研究认为早期患者可考虑降级治疗减少辅助化疗避免过度治疗。MSI-H型 / 微卫星不稳定型错配修复功能缺陷dMMR导致微卫星不稳定MSI-H。具有高肿瘤突变负荷TMB-H。20-30%多见于内膜样癌尤其是Lynch综合征遗传性相关肿瘤。中等介于POLE型和CNH型之间。免疫治疗敏感。帕博利珠单抗等PD-1抑制剂对晚期/复发dMMR/MSI-H型子宫内膜癌疗效显著。是林奇综合征筛查的指征。p53突变型 / 拷贝数高型TP53基因突变伴随广泛的体细胞拷贝数改变CNH。15-20%绝大多数为浆液性癌也包括部分高级别内膜样癌和癌肉瘤。侵袭性强。最差易发生早期转移和复发。“真正的侵袭性类型”。治疗策略应最积极包括彻底的手术分期和以铂类为基础的辅助化疗±放疗。新型靶向治疗如HER2靶向药用于部分浆液性癌正在探索中。p53野生型 / 拷贝数低型无明显特异性驱动突变TP53野生型拷贝数变化少。常有 PTEN, PIK3CA, KRAS, CTNNB1β-catenin 等基因突变。40-50%绝大多数为低级别FIGO 1-2级内膜样癌常伴有雌激素受体ER/PR阳性。最好在传统分类中但次于POLE型。激素依赖型。对孕激素治疗敏感尤其适用于希望保留生育功能的年轻患者。治疗方案较为传统手术±激素治疗。那么这种分析来到了单细胞空间的阶段现在不是简单的说一下是癌种样本就可以了而是要根据病理和基因组信息进行详细分组这个在生化小课---基因组与单细胞空间多组学中详细的讲到了如下面的文章取样癌症的样本都需要进行详细的诊断进行分子分型。但是随着而来的问题也很严重肿瘤细胞的异质性如何处理就像文章遇到的情况。对肿瘤细胞的再分群分析发现我们来看看文章的描述为了在单细胞水平上进一步研究垂体神经内分泌肿瘤PitNET的肿瘤细胞特征在整合所有样本时未使用Harmony等可能过度均一化肿瘤异质性的批次效应去除算法从而进行了无监督聚类分析。单细胞RNA测序scRNA-seq数据共鉴定出45个不同的细胞cluster。除cluster 39包含来自多个样本的增殖肿瘤细胞外大多数细胞cluster呈现出以个体为单位的分布模式这凸显了PitNETs内部的多样性。值得注意的是在正常垂体组织中识别出多种正常垂体细胞亚型包括泌乳激素细胞、促甲状腺激素细胞、生长激素细胞、促肾上腺皮质激素细胞、促性腺激素细胞以及未分化的PIT1谱系细胞。通过分析肿瘤细胞类型与其对应正常细胞之间的差异表达基因发现肿瘤细胞中与增殖和侵袭性相关的基因如TIMP1、MYO6、CCND1和CCND2表达上调这表明肿瘤细胞与正常细胞之间存在明显的转录组特征差异。随后对这些细胞cluster进行的基于scRNA-seq的拷贝数变异CNV分析揭示了染色体扩增和缺失能有效区分正常垂体组织中的癌细胞与非恶性细胞。观察到的CNV模式主要具有个体特异性进一步强调了每个肿瘤独特的遗传背景。所以说肿瘤异质性是很普遍的现象在单细胞空间的角度来看就是细胞群呈现出以个体为单位的分布模式这在分析上可能会造成困扰。那么接下来我们的思路是什么可以借鉴一下文章的思路。基于转录谱的相关性聚类分析根据标志性基因将所有肿瘤细胞cluster注释为六个主要的转录类别PRL相关型、GH相关型、ACTH相关型、SCA相关型、TSH相关型以及其他非功能性腺瘤相关亚型。相同谱系的肿瘤显示出更高的转录相似性并倾向于聚集其中大多数PIT1谱系细胞clusterPRL相关型、GH相关型以及GH/PRL相关型表现出强相关性。值得注意的是属于PIT1谱系的TSH分泌腺瘤与其他非功能性PitNETs如SGA具有相似性这表明TSH肿瘤相较于其他PIT1谱系肿瘤具有不同的发育轨迹。此外无功能亚型之一的零细胞腺瘤NCAs虽然显示出与SGAs相似的转录组特征但也表现出独特的分子特征包括分化抑制基因HOPX以及肿瘤进展相关基因PLCG2和TCN2的表达升高。这些独特的分子特征可能是NCAs表现出更强侵袭性行为的原因。这个思路感觉非常好值得借鉴至于分类的命名主要是基因的功能分类。以此落到侵袭性和非侵袭性的分子机制上的研究包括空间组的niche分析基因的转变轨迹分析以及微环境分析免疫细胞特征空间通讯分析甚至还要补基因组的测序分析生活很好有你更好。