DAP‑seq 是 DNA 亲和纯化测序DNA Affinity Purification sequencing的缩写是一种利用纯化的转录因子蛋白和裸露基因组 DNA而不是细胞内染色质来绘制转录因子在全基因组结合位点的方法。什么是 DAP‑seq biorun.comDAP‑seq 是一种用于发现转录因子TF–DNA 结合位点的实验方法通过在体外表达带有亲和标签的转录因子并与高通量测序的基因组 DNA 文库相结合来实现。该技术被设计为 ChIP‑seq 的一种快速、可扩展且成本相对较低的替代方法可在多种生物体中大规模构建全基因组“cistrome”转录因子结合图谱和“epicistrome”受 DNA 修饰影响的结合图谱。基本实验流程提取天然基因组 DNA将其打断成片段并制备成可用于测序的文库同时保留 DNA 甲基化等碱基修饰信息。DAP‑seq biorun.com将转录因子编码序列克隆到带有亲和标签的表达载体中在体外表达随后让带标签的转录因子与基因组 DNA 文库孵育使其结合到偏好的 DNA 位点上。通过亲和标签如磁珠捕获转录因子–DNA 复合物洗去未结合 DNA洗脱结合 DNA进行 PCR 加索引、混样并高通量测序然后将测序读段比对到参考基因组上进行峰值peak检测和结合基序motif分析。DAP‑seq biorun.com主要优势不需要针对每个转录因子的特异性抗体也不需要交联步骤因而相较于 ChIP‑seq 更加易扩展、成本更低尤其适合大规模转录因子筛查或非模式生物研究。使用保留序列背景和 DNA 修饰信息的基因组 DNA可用于研究 DNA 甲基化等修饰如何影响转录因子结合偏好。DAP‑seq biorun.com高通量已有文献报告在配置合理的实验室条件下每周可以处理数量级为数百个转录因子样本。武汉伯远生物 biorun.com局限性及与 ChIP‑seq 的差异 DAP‑seq biorun.comDAP‑seq 使用的是体外裸 DNA不反映染色质结构、核小体排列以及体内辅助因子的影响。因此它给出的是转录因子的内在 DNA 结合谱潜在可结合位点而 ChIP‑seq 反映的是该转录因子在特定细胞类型和条件下实际占据的位点。典型应用系统性地绘制大规模转录因子家族的结合位点尤其是在抗体资源匮乏的植物等物种中。构建和优化基因调控网络模型哪个转录因子调控哪些基因并与转录组、表观组或 ChIP‑seq 数据整合分析。